GeneCodeのパーツを使用した場合は、
スペース文字は除去される仕様となっております。
この動作を変更する設定はございません。

なお、代替案としまして、パーツを使用せず
gc-scriptで直接HTMLを出力する方法がございます。

具体的には gcutil.toHtml() 関数を用いて、

gcutil.toHtml($('#main-contents'))

のように記述すると
上記の例ではidが #main-contents の要素をそのまま出力できます。