iOS8.0からiOS 8.1.0のSafariではJavaScriptのwindow.close関数が動作しないというバグがあります。 このバグはiOS8.1.1で修正されています。

通常iOSは自動的にアップデートされますが、システムを利用する上でウィンドウを閉じるという動作が必須の場合は、iOS8.0からiOS 8.1.0は推奨環境からは外された方が良いでしょう。