以下のような手順となります。
IDE本体はC:¥genecodeに配置されているものとします。他の場所に配置してある場合は適宜読み替えてください。

1) Genecode Developer Connectionから最新版のIDEパッケージをダウンロードします。
2) zipファイルを解凍後、以下の2つをC:\genecodeディレクトリ以下に配置してください。
 ・genecode¥programs
 ・genecode¥genecode-ide-x.x.x.cmd
3) 新しく配置したgenecode-ide-x.x.x.cmdを実行します。
4) 初期設定ダイアログが表示されるので、インストール時に使用したライセンスID、ライセンスファイル、メールアドレスを入力します。
5) プロジェクトディレクトリの設定を以前のバージョンで使用していたものに変更します。
6) 設定画面下部の「適用」ボタンを押し、設定を反映します。

ver.1.1以下からver.1.2以上にバージョンアップする場合には、追加で以下の操作が必要になります。

以下のディレクトリ(A)にあるファイルをすべてディレクトリ(B)へ移動させてください。
(A)C:¥genecode¥develop¥genecode¥cache¥pc
　　　↓　　　↓　　　↓　　　↓
(B)C:¥genecode¥projects¥(利用するプロジェクトディレクトリ)¥reuse¥html

より詳細な手順については、ジーンコードIDEインストールマニュアル(http://developer.genecode.jp/manuals/ide/latest/gc_ide_install.pdf)に記載があります。