テンプレートファイルやテンプレートマッピングなどの構成ファイルに対する読み取り権限が存在しない可能性があります。
Apacheの実行ユーザー（daemonやnobodyユーザーなど）から該当ファイルを読み込むことができるように、ファイルやディレクトリのオーナーやアクセス権限を変更してください。

なお、Apacheの実行ユーザーからの読み取り権限があるかどうかは、rootで以下のコマンドを実行することにより、確認することも可能です。

■Apacheの実行ユーザーがdaemonで、対象ファイルが /home/genecode/template/top.htmlの場合

su - daemon -c "cat /home/genecode/template/top.html"

※ファイルの内容が表示された場合は、該当ユーザーからの読み取り権限が存在します。