GeneCodeを導入したApacheを1OS上で複数インスタンスで稼働させることは可能です。
複数インスタンス稼働時でも、Apacheは通常のコマンドにて個別に起動/停止させることができます。
なお、複数インスタンス稼働時には、 /var/genecode/work ディレクトリを共有できないため、各インスタンスごとに別個のディレクトリを指定する必要があります。