解決方法

ビルダーの[ツール]-[設定]で、[テンプレート]タブにある「アップロード先ディレクトリ」の値により、変更が可能です。
アップロードするディレクトリを/home/genecode/templateディレクトリを基準とした相対パスでを指定して下さい。

■設定例：/foo
この場合は /home/genecode/template/fooディレクトリにファイルがアップロードされます。