解決方法

Basic認証を設定するには、GeneCodeサーバーもしくはPCコンテンツサーバーのいずれかで設定します。

GeneCodeサーバー上でBasic認証を設定する場合、.htaccessは使用できませんので、httpd.confなどの設定ファイルにて指定してください。
また、ビルダーからアップロード時にも認証情報を送る必要がありますので、設定 > サーバ > アップロード先(CGI)にユーザ名とパスワードを設定して下さい。

なお、GeneCodeサーバー及びPCコンテンツサーバーの両方でBasic認証を設定すると、HTTPプロトコルの制約により認証が通りませんのでご注意ください。