機能と仕様

GeneCodeではApacheの設定ファイルとしてhttpd-genecode.confとhttpd-genecode-vhost.confの2種類が存在します。
httpd-genecode.confはサーバーレベルのグローバルな設定で、httpd-genecode-vhost.confはVirtualHostレベルの設定となるため、
httpd-genecode.confの次にhttpd-genecode-vhost.confをIncludeする必要があります。

解決方法

httpd-genecode-vhost.confをIncludeする前にhttpd-genecode.confをIncludeします。