変換後のスマートフォンコンテンツでもPCのJavaScriptを使用したいのに、正常に動作しない場合は
JavaScriptでエラーが発生しているか、動作する為の条件が異なる為動作できていない可能性があります。
それぞれ以下の理由が考えらます。

・クラス名がPCと異なる
・id名がPCと異なる
・要素の位置がPCと異なる
・PCのスクリプトが動作する手前でJavaScriptエラーが起きている
・scriptが読み込まれていない
・読み込んでいるscriptの順番がPCと異なる

ブラウザの開発ツール(ChromeであればF12、FirefoxであればCtrl+Shift+KやFirebugプラグイン)を使い、
コンソールにエラーが出力されていないかを確認し、エラーが出ているのであれば出なくなるように調整します。
また、Chromeの拡張機能「Visual Event」を使用すると、画面上のJavaScriptイベントが視覚的に見えるので
変換後に正しくJavaScriptイベントが設定されているかどうかを確認したり、PCサイト上で使用する事でどこのJavaScript
から呼び出されているのかを確認する事ができます。